Sysmex-Partec流式細(xì)胞儀，你不知道的那些事--系列二：植物C值檢測(cè)
來(lái)源：本站 作者：admin 時(shí)間：2019/1/8
【W(wǎng)hat】
C值是指物種單倍體或配子所含的DNA量，單位為pg(picogram)或Mb(million base pair), 而1pg相當(dāng)于978 Mb。
【W(wǎng)hy】
對(duì)于C值檢測(cè)的意義：
1、與微衛(wèi)星的擴(kuò)增效率相關(guān)；
2、作為細(xì)胞核大小、花粉粒直徑等表型的預(yù)示值, 基因組大小與細(xì)胞核大小、花粉直徑等表型性狀成正相關(guān)；
3、作為生態(tài)與環(huán)境的預(yù)示值, C值與植物的生活史、地理分布、物候期、單位面積生物量、對(duì)生長(zhǎng)環(huán)境的敏感度（如溫度和濕度的變化）等緊密相關(guān)，還能預(yù)測(cè)長(zhǎng)期的變化（諸如全球變暖）所引起的植被改變；
4、利用推斷的C值來(lái)揭示古生物學(xué)的趨勢(shì)，例如, 根據(jù)化石細(xì)胞的大小，可以推斷化石的DNA含量。在植物化石中，氣孔保衛(wèi)細(xì)胞的大小也可以用來(lái)估計(jì)DNA含量，進(jìn)而尋求C值的進(jìn)化趨勢(shì)；
5、C 值對(duì)物種保育具有重要的意義，大基因組的物種往往存在更大的滅絕風(fēng)險(xiǎn)。
【How】
關(guān)于基因組大小實(shí)驗(yàn)說(shuō)明
1、基因組大小的計(jì)算必須有一個(gè)適合的內(nèi)參，因?yàn)橥鈪?duì)于樣本的精確檢測(cè)提供了過(guò)于大的樣本變化。
2、參照物植物的基因組大小應(yīng)該在待測(cè)樣本的0.7到2.5倍范圍內(nèi)，否則樣本的的線性不準(zhǔn)確度會(huì)增加，并且要使用低中高三個(gè)范圍的參照物。
3、已知物種基因組大小的查詢網(wǎng)址：http://data.kew.org/cvalues/
4、樣本基因組大小=待測(cè)樣本的峰值/參照物的峰值*參照物基因組大?。╬g/Mb）
流式細(xì)胞儀檢測(cè)基因組大小的步驟
1、各取50mg內(nèi)參和待測(cè)植物組織，放入培養(yǎng)皿中
2、加入500ul核裂解液
3、使用鋒利刀片切碎組織，約30—60s
4、室溫條件下孵育2—15min
5、使用CellTrics®過(guò)濾器過(guò)濾樣本
6、加入含有RNA酶的PI染色液，根據(jù)樣本的不同，室溫避光孵育30—60min
7、使用有488nm或者532nm激光光源的流式細(xì)胞儀檢測(cè)；
8、計(jì)算基因組大小，流式結(jié)果如下：
|
Peak |
Index |
Mean |
Area |
Area% |
CV% |
ChiSqu |
|
1 |
1.000 |
98.29 |
1084 |
77.36 |
2.45 |
0.27 |
|
2 |
1.378 |
135.48 |
317 |
22.64 |
1.61 |
0.27 |
公式：樣本基因組大小=135.48/98.29*參照物基因組大?。╬g）
注意事項(xiàng)：
1、處理易褐變的材料時(shí)，即植物組織含較單寧類、多酚類次級(jí)代謝產(chǎn)物，可在染色過(guò)程中增加0.5 - 2 % (p/v)PVP-10/20 和/或0.01 % (p/v)的檸檬酸，pH 調(diào)節(jié)到4.5；
2、可使用其他低水平次級(jí)代謝產(chǎn)物的組織（葉柄,、花部、種子等缺乏活力的組織）
常用試劑盒：
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貨號(hào) |
英文名稱 |
中文名稱 |
測(cè)試數(shù) |
|
05-5022 |
CyStain® PI Absolute P |
PI精確P試劑盒 |
250 tests |
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05-5022-S |
CyStain® PI Absolute P |
PI精確P試劑盒(小) |
50 tests |
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05-5023 |
CyStain® PI Absolute T |
PI精確T試劑盒 |
250 tests |
可供檢測(cè)機(jī)型：
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機(jī)型 |
配置（以下均可配備自動(dòng)進(jìn)樣器） |
備注 |
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CyFlow Ploidy Analyser |
532nm激光器 |
適用于PI試劑盒 |
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CyFlow Cube6 |
488nm激光器 |
適用于PI試劑盒 |
|
CyFlow Cube8 |
488nm激光器 |
適用于PI試劑盒 |
|
CyFlow Space |
488nm或532nm激光器 |
適用于PI試劑盒 |
